ニッチな話題ではありますが、Ubuntu16.04において、GNOME3 FlashbackをCompizで利用すると、NautilusのようなHead Barと呼ばれるらしいウィンドウの周りに、黒いフレームがついてしまいます。
さっとググったところ、~/.config/gtk-3.0/gtk.cssに下記のような感じで加えれば大丈夫そうです。
.window-frame.solid-csd { box-shadow: none; border-radius: 0; margin: 1px; background-color: #eee; }
ちなみに私はリサイズのしやすさを考慮して、marginを5pxにして使ってます。また、background-colorはテーマに合わせて調整することになると思います。